Parafia p.w. bł. Anieli Salawy powstała na terenie parafii NMP z Lourdes, jednej z największych parafii w Krakowie. Obok 25 tysięcy wiernych parafia NMP z Lourdes obejmowała tzw. „Miasteczko” akademickie, zamieszkałe przez ponad 10 tysięcy studentów. Ks. kardynał Karol Wojtyła, składając wizyty duszpasterskie, niekiedy stwierdzał, że misjonarze nie mieli wyobraźni budując tak niewielki kościół dodając swe życzenie: Misjonarze – róbcie coś, aby rozładować kościół zapełniony młodzieżą akademicka. Prawdą jednak jest, że gdy powstawał kościół, co niektórzy dziwili się misjonarzom, iż w ogóle budują świątynię na takim odludziu, jakim wówczas były tereny dzisiejszej Nowej Wsi. Mało kto przypuszczał wtedy, że kościół ten będzie stał w centrum wielkiego osiedla, a na polach misjonarskich powstaną akademiki i inne budynki. Doraźnym rozwiązaniem problemu ciasnoty kościoła NMP z Lourdes było wykonanie przewiązek górnych i dolnych. Dnia 8 kwietnia 1989 r. ks. wizytator Stanisław Wypych CM skierował list do ks. kardynała Franciszka Macharskiego z propozycją podjęcia przez Zgromadzenie Misji budowy kościoła pomocniczego, na co ks. Kardynał odpowiedział pozytywnie pismem z dnia 4 maja 1989 r. Ks. Kardynał podkreślił: Ufam, że nowy kościól wraz z zapleczem duszpasterskim będzie stanowił podstawę do ustanowienia nowej parafii w Krakowie.

Starania o wybudowanie kościoła rozpoczęto od pozyskania prawa do dysponowania terenem. Większą część nieruchomości przeznaczonej pod budowę kościoła, w imieniu Zgromadzenia Księży Misjonarzy, wykupił ks. Augustyn Konsek CM za ofiary złożone przez ks. Józefa Szpilskiego ze Zgromadzenia Misji, prowincji Nowej Anglii, w Stanach Zjednoczonych. Pozostałą część placu pod budowę ofiarowały Panie Stefania Cyran, Janina Niechwiej, Emilia Pabian i Julia Zygmuntowicz. Planowany kościół został zlokalizowany przy al. Kijowskiej, w pobliżu ulic Wrocławskiej, Mazowieckiej i Zakątka. Oczywiście teren ten uzyskał lokalizację decyzją Urzędu Miasta. Projekt przygotował architekt mgr inż. Józef Dutkiewicz. W międzyczasie główny architekt Miasta Krakowa pan Aleksander Bem wraz z komisją wniósł zastrzeżenia co do lokalizacji nad zabytkową „Młynówką Królewską”, po czym wycofał pozwolenie na budowę kościoła i domu Zgromadzenia Misji. Dwa lata trwały starania o ponowne zezwolenie. Dużo było z tym trudności. Ostatecznie sprawa ta dostała się na forum obrad Rady Miasta, która dnia 6 grudnia 1991 r. ponownie zatwierdziła lokalizację przy 6 głosach przeciwnych i 3 wstrzymujących się, na 45 zebranych. Trudności jakie były (lokalizacji) podjęciem dzieła budowy tego kościoła dziwi tym bardziej, że miały miejsce w Polsce odrodzonej, w mieście skądinąd zamieszkałym przez ludzi wierzących, a jednak… Najlepiej sytuację ówczesną oddaje list Senatora Rzeczypospolitej Polskiej dokument praw Andrzeja Rozmarynowicza (doradcy Karola Wojtyły i wieloletniego radcy Kurii Metropolitalnej w Krakowie), który złożył na ręce Przewodniczącego Rady Narodowej Miasta Krakowa magistra Kazimierza Barczyka,1 w Urzędzie Miasta Krakowa, dnia 15 listopada 1991 roku. Oto jego fragmenty: (…) Udzielił im pomocy przy zabezpieczeniu terenów i prawnych aspektów budowlanych przy budowie kościołów w nowej Hucie – a to „Arki” w Bieńczycach oni: kościoła św. Maksymiliana Marii Kolbe w Mistrzejowicach, jak też przy budowie kościoła w Czyżynach, kościola przy ul. Dobrego Pasterza na Prądniku Czerwonym, kościoła na osiedlu Azory i wielu innych (…). Podejmowaliśmy – vi, dam ut precurio modo walki z władzą komunistyczną, ale przyznam, że nie spotkałem się z takim lekceważeniem prawa jak to wynika z kwestionowanego przeze mnie pisma Sekretarza Gminy Kraków. (…) Na marginesie pragnę zwrócić się do Państwa Radnych, aby zapoznali się bezpośrednio, osobiście, z terenem, na którym wzniesiony ma być obiekt sakralny, celem ustalenia, że oprócz trawy i chwastów miasto na terenie tym przeznaczonym na „zieleń parkową” od lat nie zadbało o zmianę tego stanu rzeczy, a hasło „Młynówka Królewska” – pozostało już tylko określeniem archiwalnym, i po zasypaniu koryta Młynówki, oraz obudowaniu obrzeży blokami – trudno jest mówić o atmosferze sielskiego zabytku kultury. Jestem przekonany, że lokalizując obiekt sakralny Zgromadzenie Księży Misjonarzy dopiero teraz założy „zieleń parkową” zgodnie z założeniami i projektem całościowego urządzenia zieleni wzdłuż ciągu spacerowego Młynówki. W aktualnej sytuacji kwestionowane stanowisko z pisma z dnia 25 X 1991 r. uznać należy za bezprzedmiotową obronę chwastów przeciwko obiektowi sakralnemu.

W styczniu 1992 roku, po podjęciu przez Radę Miasta Krakowa uchwały o lokalizacji kościoła i Dzieła Błogosławionej Anieli Salawy, Rada Prowincji zdecydowała, że budowę poprowadzi Zgromadzenie Księży Misjonarzy z udziałem parafii Matki Bożej z Lourdes. Niezwykle trudnego zadania realizacji budowy podjął się ks. mgr Jan Kowalik CM, budowniczy sanktuarium w Zakopanem – Olczy. W marcu 1992 roku, mimo licznych problemów finansowych i niesprzyjającej sytuacji gospodarczej, dzięki bardzo dobrej organizacji pracy, pomocy i zaangażowaniu wielu ludzi, po uzyskaniu zezwolenia na zagospodarowanie placu budowy, roboty ruszyły w szybkim tempie. Wykonano konieczne roboty wodno -kanalizacyjne i energetyczne. Przygotowano zaplecze przyszłej budowy. Po wielu trudnościach, 7 maja 1992 roku, Urząd Miasta Krakowa zatwierdził projekt. 17 sierpnia 1992 r., dzięki staraniom ks. Augustyna Końska CM, przy współudziale ks. Stanisława Wypycha CM, ks. Jana Kowalika CM, księży kanclerzy Kurii Krakowskiej, ks. Bronisława Fidelusa, ks. Jana Macieja Dyducha, dzięki wielkiej przychylności ks. kardynała Franciszka Macharskiego, odebrano wreszcie pozwolenie na budowę kościoła. Roboty budowlane prowadzono w systemie gospodarczym. Podczas spotkań roboczych uzgadniano kolejność wykonywanych prac, rozstrzygano wciąż pojawiające się nowe problemy. Od początku starannie i na bieżąco prowadzono księgę dochodów i rozchodów. Głównym projektantem i kierownikiem budowy kościoła był architekt mgr inż. Józef Dulkiewicz. Obliczenia konstrukcyjne wykonał mgr inż. Mieczysław Czapiński. W pracach budowlanych,przy współpracy majstra inż. Franciszka Gonczaruka, pomagał inż. Janusz Frankowski. Powierzchnia terenu działki na której powstał kościół wynosi 1905 m2. Powierzchnia użytkowa nowej świątyni wynosi 960 m2, w tym 565 m2 część kościelna i 365 m2 część mieszkalna. 10 września 1992 roku ks. biskup Albin Małysiak dokonał poświecenia krzyża i odprawił Mszę św. z udziałem kapłanów i wiernych o błogosławieństwo Boże w pracach budowlanych. Prace nabrały tempa. Po przerwie świątecznej, w styczniu 1993 roku, mimo nieprzychylnej, przełomowego momentu kościół przestał być wyłącznie miejscem budowy i stał się również żywą wspólnotą duchową. W 1995 roku kontynuowano prace budowlane. Dach wykonali cieśle z Podhala. 15 maja 1995 roku, z udziałem ks. wizytatora Karola Hołubickiego CM, ustalono obowiązki duszpasterskie przy kościele bł. Anieli Salawy. Rozpoczęto je 15 czerwca 1995 r. uroczystą procesją Bożego Ciała z macierzystego kościoła Matki Bożej z Lourdes. Uroczystość ta zapoczątkowała coroczne procesje między tymi kościołami.

Wierni zaczęli gromadzić się w nowo powstających wspólnotach. Wyznaczono porządek Mszy świętych w dni powszednie i w niedziele, objęto opieką ludzi starszych i chorych zamieszkujących sąsiednie ulice. W 1995 roku przybyli do pracy ks. Józef Kupias CM i ks. Jacek Tendej CM (skierowany w 1997 r. na studia do Rzymu). W tym też roku do wspólnoty księży dołączyli ks. Wacław Ryba CM i ks. Dariusz Okoński CM, którego w 1998 r. zastąpił ks. Janusz Oćwieja CM. W roku 1996 prace powoli przeniosły się do środka budowli. Zakończono szklenie okien, włożono drugie drzwi wejściowe, zainstalowano elektryczne ogrzewanie podłogowe. Kościół piękniał w oczach i od początku przyciągał wiernych przyjazną atmosferą i tajemniczym, niewidzialnym nastrojem modlitwy i skupienia. Pojawiły się pierwsze witraże autorstwa Teresy Stankiewicz. Później ściany świątyni przyozdobiły, wykonane przez tę samą artystkę, stacje Drogi Krzyżowej. Na każdym witrażu wypisano nazwiska fundatorów. Następnie wykonano marmurowy ołtarz i tabernakulum. Zainstalowane zostały mocno zużyte dębowe ławki, omodlone przez około 70 roczników kleryków misjonarskich, kapłanów i braci, wzięte z kaplicy seminaryjnej Księży Misjonarzy, mieszczącej się na Stradomiu. W czerwcu rozpoczęto kładzenie posadzek. We wrześniu, w prezbiterium, została umieszczona rzeźba. Jezusa ukrzyżowanego autorstwa Jana Sieka. Równocześnie, rozwijała się działalność duszpasterska. 19 maja W96 r. odbyła się uroczystość Pierwszej Komunii Św. W czerwcu – druga procesja Bożego Ciała. Następnie przyjęcie dziewczynek i chłopców do Liturgicznej Służby Ołtarza, pielgrzymki na Jasną Górę, do Lichenia, Olczy. 24 czerwca ks. Jan Kowalik CM obchodził 40-to lecie kapłaństwa. 6 sierpnia 1996 roku, ks. kardynał Franciszek Macharski wydał dekret erygowania parafii p.w. bł. Anieli Salawy w Krakowie. Parafia została powierzona na stałe Zgromadzeniu Księży Misjonarzy św. Wincentego a Paulo. Dekret obowiązuje od 9 września 1996 roku. Pierwszym proboszczem parafii został mianowany ks. mgr Jan Kowalik CM. W pierwszą niedzielę po 9 września (15.09.96) z udziałem ks. biskupa Albina Małysiaka i 23 kapłanów z dekanatu i Zgromadzenia Misji, obchodzono pierwszy odpust parafialny. Obecni byli również ks. dr Bronisław Fidelus, infułat kościoła mariackiego i ks. prałat Jan Dziasek z parafii bł. Jadwigi Królowej. 25 kwietnia 1997 roku ks. bp. Stanisław Smoleński udzielił, po raz pierwszy w naszym kościele, sakramentu bierzmowania. 9 września 1998 roku, ks. dr Bronisław Sieńczak CM, wizytator Polskiej Prowincji Zgromadzenia Księży Misjonarzy, wydał dekret erygowania domu przy parafii p.w. bł. Anieli Salawy w Krakowie i mianował ks. mgra Jana Kowalika CM jego pierwszym superiorem. W latach 1997 – 2000 w dalszym ciągu trwały prace wykończeniowe: licowanie i ocieplenie ścian zewnętrznych, tynkowanie i malowanie pomieszczeń kościelnych, roboty instalacyjne, wykonywanie stolarki okiennej i drzwiowej, adaptacja pomieszczeń podziemnych, położenie schodów, brukowanie dziedzińca, fugowanie ścian zewnętrznych, niwelacja terenu, ogrodzenie siatką i żywopłotem, założenie korytek dla odwodnienia terenu. Liczni ofiarodawcy z kraju i z zagranicy przyczynili się do wzbogacenia wystroju kościoła. Przed ostatnią pielgrzymką Ojca Świętego do Ojczyzny, ufundowano cztery dzwony, poświęcone 12 września 1999 r. W marcu 1999 r. odbyły się pierwsze misje parafialne, a od 12 do 13 kwietnia Nawiedzenie Maryi w Jej Jasnogórskim Obrazie. W tymże samym roku, wyruszyła z parafii pierwsza pielgrzymka do Ziemi Świętej. W Roku Świętym, do historycznej, wyjątkowej uroczystości konsekracji kościoła, parafią duchowo przygotowały nabożeństwa wielkopostne i majowe, oraz, renowacja Misji świętych (20 – 25 maja 2000 roku).

Na czterech filarach umieszczono marmurowe tabliczki z krzyżem konsekracyjnym. Nad nimi są metalowe świeczniki, tzw. zacheuszki. Znajdujące się w nich świece będą zapalane tylko raz w roku, w rocznicę konsekracji kościoła. W sobotę, 27 maja 2000 roku, o godz. 16. J. E. ks. kardynał Franciszek Macharski dokonał uroczystcgo poświęcenia kościoła. Duszpasterzom w trudnych chwilach cały czas pomagali konfratrzy ze Zgromadzenia Księży Misjonarzy i Zgromadzenia Księży Michalitów. Szczególne uznanie i podziękowanie składamy ks. Jackowi Gasińskiemu CM za gorliwą i chętną pomoc duszpasterską. Dziękujemy też siostrom miłosierdzia z domu prowincjalnego w Krakowie. Dzięki dobroci sióstr wizytatorek Janiny Stachowiak i Krystyny Jarosz, prawie od początku, parafia korzystała z pracy sióstr miłosierdzia. Wśród nich szczególnie zasłużyła się siostra Maria Kołodziej opiekująca się dziewczynkami ze Stowarzyszenia Dzieci Maryi. Dzieło budowy kościoła i domu Zgromadzenia Misji było możliwe dzięki ofiarności wielu osób. Należy zauważyć ogromny wkład pracy księdza Jana Kowalika CM, który podczas budowy niestrudzenie jeździł po świecie i kwestował. Od 1991 r. czterokrotnie wyjeżdżał z rekolekcjami do USA ( stan New York, New Jersey, Connecticut, Illinois – Chicago). Każda podróż misyjna trwała od pięciu do sześciu miesięcy. Ks. Kowalik prowadził też rekolekcje lub misje z kwestowaniem w Polsce i we Francji. Wszędzie ofiarnie pracował korzystając z wieloletniego doświadczenia, jakie dało mu przeprowadzenie w swym życiu 796-iu serii misji i rekolekcji. Budowę finansowo, w miarę swoich możliwości, wspierało Zgromadzenie Księży Misjonarzy św. Wincentego a Paulo, wraz z ówczesnym proboszczem parafii NMP z Lourdes, ks. drem Władysławem Bombą CM. W pracach budowlanych i pomocniczych, cały czas pomagali parafianie, którzy też mają swój udział w częściowym sfinansowaniu wewnętrznego wystroju kościoła. Lista ofiarodawców, fundatorów i dobroczyńców kościoła znajduje się w kronice parafialnej.